O Centro de Documentação do Museu de Lagos dispõe de um acervo documental relativo às coleções do Museu e uma biblioteca especializada constituída por diversas doações de bibliotecas particulares e por diferentes números de publicações periódicas que a mesma foi recebendo ao longo dos anos.
O seu acervo documental é composto maioritariamente por monografias e publicações de temática geral, destacando-se obras de Religião, Política, Militares, Ciências Sociais, Arte, Literatura e História. Possui ainda um grande número de jornais locais e regionais que datam desde a década de 1930.
O equipamento encontra-se temporariamente encerrado.